挑选天然水晶可以从以下几个方面入手：
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观察内含物：天然水晶在形成过程中会包裹一些矿物质、气液包裹体等，仔细观察能看到棉絮状、云雾状、冰裂状的内含物，或者是类似发丝、针状的包裹体。例如发晶内部就有像头发丝一样的包裹物。而人造水晶内部非常干净透明，几乎看不到天然水晶那样的内含物。不过，有些商家为了模仿天然水晶，会人工添加一些类似内含物的物质，但这些添加物通常排列规则、形态单一。
硬度测试：水晶的硬度一般在摩氏 7 度左右，可以用水晶去划玻璃（玻璃硬度约为 5.5 - 6 度），如果能在玻璃上留下划痕而水晶本身无损伤，那很可能是天然水晶，但这种方法会对物品造成一定损坏，需谨慎使用。一些人造水晶硬度较低，划玻璃时可能无法留下痕迹，或者自身容易被划伤。
温度感知：天然水晶导热性较好，拿在手中会有冰凉的感觉，而且这种凉感持续时间较长。即使在炎热的夏天，天然水晶也不会很快变热。人造水晶导热性相对较差，拿在手中凉感较弱，升温较快。
光学特性：天然水晶具有双折射现象，将水晶放在一条直线上，透过水晶观察，直线会出现重影；在偏光镜下转动 360 度，会出现四明四暗的变化。而人造水晶一般不具备双折射现象，观察直线不会出现重影，在偏光镜下也可能没有明显的四明四暗变化。
颜色：颜色是衡量水晶品质的重要因素之一。好的天然水晶颜色鲜艳、纯正、均匀，且具有一定的饱和度。例如紫水晶以深紫色且颜色均匀者为佳；粉水晶则以粉嫩柔和的颜色为好。不过，不同颜色的水晶，其评价标准也有所不同，要根据具体水晶种类来判断。同时，要注意颜色是否自然，避免选择颜色过于鲜艳不自然的水晶，以防经过染色处理。
透明度：一般来说，透明度越高的水晶品质越好。像白水晶，越透明纯净越有价值。但有些水晶如茶晶、烟晶等，本身透明度相对较低，这类水晶主要看其颜色和内含物的独特性。对于有内含物的水晶，如幽灵水晶，要求内含物分布均匀、形态美观。
净度：净度指的是水晶内部的干净程度，也就是内含物和瑕疵的多少。净度高的水晶内部几乎看不到明显的瑕疵和棉絮等杂质。不过，完全没有瑕疵的天然水晶非常稀少，少量的内含物和冰裂在一定程度上是可以接受的，而且有时独特的内含物还会增加水晶的观赏价值和独特性。
切工：对于经过切割打磨的水晶制品，切工的好坏直接影响其美观和价值。好的切工能够使水晶充分展现出光泽和火彩，切割面平整光滑，角度精确。例如水晶吊坠、水晶球等，切工精细的产品看起来更加精致。
用途需求：如果是用于佩戴装饰，那么水晶的外观和款式就很重要，要选择自己喜欢且适合搭配服装风格的水晶饰品。如果是用于收藏，就需要关注水晶的稀有性、品质和市场价值等因素，选择具有一定收藏潜力的品种，如高品质的钛晶、绿幽灵等。
预算范围：天然水晶的价格因品质、品种、大小等因素差异很大。在挑选时要根据自己的预算来选择合适的水晶。一般来说，品质越好、越大的水晶价格越高。例如高品质的天然祖母绿水晶价格会比普通白水晶高出很多。
